La película trata del potencial inicio de una Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi, cuando ninjas poseedores de Kekkei Genkai comienzan a desaparecer de Kumogakure, Iwagakure, Kirigakure, y Sunagakure. Como konohagakure la única aldea que no es afectada por estos sucesos, la Hoja es señalada como la causante de este incidente porque Hiruko señala que es de la hoja, y comienzan a circular rumores de una posible rebelión. Con las otras naciones traspasando las fronteras del País del Fuego, amenazando con una invasión, el Señor Feudal le ordena a Tsunade capturar al verdadero responsable y probar la inocencia de Konoha; en el caso de fallar, el País del Fuego será forzado a destruir la villa para preservar la paz mundial.